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5.6 Bestimmung eines möglichen Transkriptionsstartpunkts des

Gens sdmA

Die Gengruppen der Hydrogenasen Vhc und Frc werden, wie in der Einleitung

erwähnt, nur bei Selenmangel transkribiert (Berghöfer et al., 1994). Die

Sequenzelemente, die für die Regulation verantwortlich sind, liegen in einer

intergenen Region, die sich zwischen den Genen der beiden Hydrogenasen befindet

(Noll et al., 1999). Da sich das Transkript von sdmA auch nur bei Selenmangel

nachweisen lässt, sollte überprüft werden, ob es zusammen mit den Hydrogenase-

Genen zu einem gemeinsamen Regulon gehört. Dazu wurde die Umgebung des

Transkriptionsstartpunkts von sdmA mit der intergenen Region der Hydrogenasen-

Gene verglichen.

Zuvor wurde der Startpunkt von sdmA mittels einer Primer-Extension bestimmt,

indem ein DNA-Gegenstrang der mRNA nach Anlagerung des Primers excorI durch

eine reverse Transkription synthetisiert wurde. Dieses Oligonukleotid bindet an eine

Sequenz aus der kodierenden Region von sdmA. Um die Länge des

Reaktionsproduktes bestimmen zu können, wurde ein entsprechendes Plasmid, das

das Gen sdmA einschließlich des 5´-Bereichs der nicht-kodierenden Region enthielt,

mit dem gleichen Primer sequenziert. Die Reaktionsprodukte aus der Sequenzierung

wurden neben den Produkten der Primer-Extension aufgetragen und mittels eines

Sequenzers analysiert (Abb. 11A). Dabei wurde ein 5´-Ende kartiert, das einem

möglichen Transkriptionsstartpunkt entsprechen würde (Wich et al., 1986). Der

Startpunkt läge dann auf einem Thymin (+1, Abb. 11B). 23 Basenpaare

stromaufwärts wurde eine mögliche TATA-Box (Reiter et al., 1990) identifiziert.

Gemeinsame Sequenzelemente zu der intergenen Region der Hydrogenasen-Gene,

die auf eine gemeinsame Regulation hindeuten würden, konnten nicht gefunden

werden.

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